Sem contar que, fazer uma limpeza mensalmente no registro do windows, além de desfragmentar o disco vez em quando, ajuda e um bocado a manter a maquina em perfieto estado

O ideal é rodar sistema operacional e programas básicos em HDD separado. Existem também alguns programas que mandam aqueles vídeos que se usa pouco e outras coisas assim para o final da unidade (ou seja, o centro do disquinho) que é de leitura mais lenta. Evitar muitos downloads ao mesmo tempo ajuda também. E sempre que possível cofigure seus programas de download para alocar o espaço total antes. Por fim fixe o tamanho do arquivo swap (no Windows) ou use raiz diferente (no linux).